- Фильм снят по мотивам романа Роберта Ладлэма «Превосходство Борна» (The Bourne Supremacy, 1986).
- По словам сценариста фильма Тони Гилроя, он постарался сделать не адаптацию книги для киноэкрана, а её переосмысление.
- По большому счету фильм снимался в обратном порядке. Это означает, что съёмки в Москве прошли первыми, а в последнюю очередь снимали сцены на Гоа.
- Брайан Хелгеленд доводил сценарий до ума, однако его имя не упоминается в титрах.
- Для того чтобы достичь эффекта документального кино, подавляющая часть фильма была снята ручными камерами. Режиссер также постарался избежать использования компьютерной графики. Поэтому практически все трюки в фильме выполнялись вживую, без применения спецэффектов.
- Различные приспособления, которые использует Борн на протяжении фильма, существуют на самом деле, и большинство из них можно купить в обычных магазинах.
- Шариковая ручка Борна — Rotring 600.
- Музыка, которую можно услышать в холле отеля «Hotel Brecker», — четвертая баллада Фредерика Шопена.
- При съёмках сцены допроса в консульстве, Мэтт Дэймон случайно послал в нокаут Тима Гриффина, сыгравшего Джона Невинса.
- В доме в Мюнхене, Джейсон Борн использует в качестве оружия свернутый журнал. Тактика его боя происходит из вида филиппинских единоборств – Эскрима. Данный стиль предполагает активное использование предметов из повседневного обихода, включая шариковые ручки (как это показано в фильме «Идентификация Борна» (2002)) и свернутые в трубочку газеты.
- Пистолет, которым пользуется Борн в Москве, — Sig Sauer PRO.
- Пистолет Кирилла — Walther P99.
- Количество трупов: 9.
- По первоначальной версии сценария, Борн должен был провести значительное время в индийской тюрьме.
- Сцена погони по московским улицам получила в 2005 году мировую премию в области трюков Таурус (англ. Taurus World Stunt Awards) в номинации «лучшая машина» (англ. Best Vehicle). Руководил постановкой этой автомобильной погони российский каскадер Виктор Иванов.
- Когда Борн звонит Памеле Ленди в Берлине, слышен голос, говорящий «Мне нужно 90 секунд, чтобы определить его положение». Борн прервал диалог спустя 88 секунд.
- Снимок Ники (Джулия Стайлз) — реальное промо-фото актрисы к фильму «10 причин моей ненависти» (1999).
- Изначально фильм должен был закончиться сценой, в которой Борн рассказывает дочери Нески о смерти её родителей. Однако на тест-просмотрах зрители посчитали такую концовку незаконченной и слишком размытой. Поэтому для фильма были сняты дополнительные сцены, где Борн разговаривает по телефону с Лэнди, и она говорит ему его настоящее имя. Дополнительные съёмки завершились всего за несколько недель до премьеры фильма.